O procedimento para emissão de NFe de Entrada tem a mesma sequencia da nota de saída avulsa, com duas diferenças:
No menu acesse VENDAS > EMISSÃO NFE AVULSA/DEVOLUÇÃO

informe os itens e depois clique em 

e em "PRODUTOS" depois de selecionar o "DESTINO" e selecionar o tipo da operação como "ENTRADA" informe o CFOP de ENTRADA, caso não saiba, a sua contabilidade poderá informar:

Para Gerar a nota clique em 