Para configurar um plano de contas para LANÇAMENTO das compras efetuadas em cada filial e organizar isso no FLUXO DE CAIXA e também no DRE acesse o menu CONFIG > FILIAIS, selecione a FILIAL e na guia CONFIGURAÇÕES GERAIS 
informe o plano de contas para as COMPRAS em Plano de Contas para Lançamento de Compras (DÉBITO), a partir desse momento todas as compras registradas irão para o plano de contas informados, repare que essa seleção deve ser feita para cada filial.
Também é possível ajustar todos os lançamentos de compras no contas a pagar que já foram feitos clicando no botão:
(antes selecione qual plano de contas será usado para lançamento das compras), repare que esse procedimento pode ser feito para cada filial.