Prepare uma planilha com as colunas abaixo, a importação irá excluir os códigos EAN do produto e atualizar pelos que informar na planilha, é possivel importar até dois códigos EAN por SKU.
- SKU: código interno do produto cadastrado no ERP
- CODIGO1: novo código do produto
- CODIGO2: caso não tenha um segundo código deixe vazio ou zero

E na guia do Excel informe CODIGOS

Para importar acesse o menu CONFIG > ATUALIZAR CÓDIGOS EAN DE PRODUTOS POR EXCEL
Selecione o arquivo e clique 
Abaixo você baixar um modelo da planilha