Para alterar o CNPJ por um outro no ERP, que emite NFe, faça o seguinte:
Acesse no menu CONFIG > FILIAIS
Selecione qual filial você quer alterar:
Confira se os dados estão corretos!
Depois clique na guia 
Atenção! confirme e altere o número da última nota emitida:
Atenção, confira novamente se os dados estão corretos!
Para confirmar as alterações clique em 
no final da página