Preste muita atenção nas instruções para emissão da NFe Complementar!
No menu acesse a opção: VENDAS > EMISSÃO DE NFE AVULSA/DEVOLUÇÃO
Adicione os itens, e na guia 
selecione "Finalizada" > "Complementar"
Quando selecionar a "FINALIDADE" > "COMPLEMENTAR" será liberado os valores totais na guia 
para preenchimento manual, importante: os valores informados aqui substituirão os totais automáticos da nota:
Na guia 
também será liberado campos de complemento de imposto, informe neles (caso necessário) os valores complementares de imposto:
É obrigatório referenciar a nota que está complementando, informe a chave de acesso na guia 
Importante: demais valores, como: quantidade, preço e desconto você poderá zerar de acordo com a sua necessidade.
É permitido apenas complementar uma NOTA FISCAL por vez.
A NF-e Complementar será emitida nos casos de:
- Reajustamento de preço em razão de contrato escrito ou de qualquer outra circunstância que implique aumento no valor original da operação ou prestação;
- Na exportação, se o valor resultante do contrato de câmbio acarretar acréscimo ao valor da operação constante na nota fiscal;
- Na regularização em virtude de diferença no preço, em operação ou prestação, ou na quantidade de mercadoria, quando efetuada no período de apuração do imposto em que tiver sido emitido o documento fiscal original ou para lançamento do imposto não efetuado em época própria, em virtude de erro de cálculo.
A NF-e de complemento serve para “complementar” dados de um ou mais produtos que porventura vieram a serem emitidos com dados inferiores aos reais. A idéia é que a NF-e normal + NF-e de complemento = operação real.
- Os dados do destinatário/emissor te de ser idênticos ao da nota referenciada;
- CFOP do cabeçalho pode ser alterado;
- Transportadora: devem-se informar a modalidade de frete por conta do emitente, dispensando o preenchimento as demais informações;
- Campo Informações Complementares: podem-se informar qualquer outra informação de interesse;
- Deve possuir o(s) mesmo(s) produto(s) das notas referenciadas. Caso exista algum produto que foi remetido e não constou na NF-e normal, deve emitir uma nova NF-e normal constando este produto;
- É utilizada sempre para complementar, ou seja, para acrescentar e nunca para debitar/subtrair. Para tais fatos devem-se utilizar carta de correção e/ou nota fiscal de devolução de acordo com cada caso.