O sistema irá fazer o cálculos da MVA Ajustada automaticamente, é somente necessário informar as alíquotas.
No momento da Emissão da NF-e na guia "DADOS BÁSICOS" selecione a opção "AJUSTA MVA" 
e informe o valor da Alíquota de ICMS de Destino para cada produto no campo "ICMS DESTINO %" 
, é necessário que o campos "ICMS %" 
também esteja preenchido com a sua alíquota de ICMS Interna, não se esqueça de o campo "IVA %" 
também deve estar preenchido.
Lembrando que os campos "ICMS %" e "IVA %" carrega os valores preenchidos no seu cadastro de produtos, você pode alterar eles aqui também caso necessário.
Lembrando que para calcular ST a opção em "DADOS BÁSICOS > CALCULA ST" também deve estar marcada 
Abaixo em amarelo estão os campos que devem ser considerados na guia "PRODUTOS"
Atenção, existem algumas exceções para MVA AJUSTADA, CONSULTE SEMPRE COM O SEU CONTADOR!!! abaixo estão algumas delas mas, confirme elas também com o seu contador!
Nas operações interestaduais em que o optante pelo Simples Nacional esteja na condição de substituto tributário, não será aplicada a MVA ajustada para determinação da base de cálculo da ST, devendo, nessa hipótese, ser utilizada a MVA original estabelecida no ato legal. Nos casos em que a responsabilidade pelo recolhimento for atribuída ao destinatário, não será aplicado o ajuste do MVA quando o fornecedor for optante pelo Simples Nacional.