O sistema irá fazer o cálculos dos valores reduzidos automaticamente, é somente necessário informar os percentuais que serão reduzidos de PIS/COFINS no momento da emissão da NFe.
Para informar isso na emissão da NFe, acesse a guia "Produtos" 
no momento da emissão da nota e informe o valor em percentual que será reduzido da base cálculo do PIS/COFINS nos campos indicados.
Lembrando que, para que a redução seja aplicada corretamente, é necessário informar as alíquotas de PIS e COFINS nos respectivos campos, localizados na guia 
